微生物重测序-经典案例-威尼·至尊国际(中国)
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      基因组测序

      微生物基因组重测序

      裂解酵母基因型及表型的多样性研究

      The genomic and phenotypic diversity of Schizosaccharomyces pombe

      期刊:Nature genetics
      影响因子:29.352
      研究单位:Department of Genetics, Evolution and Environment, University College London
      发表年份:2015年2月

      一、研究背景

      裂解酵母(Schizosaccharomyces prombe)是真核生物研究中的重要模式生物,但是对于这个菌株的进化历史,还没有系统的研究。作者汇集了100年内收集到的161株野生裂解酵母,顺利获得重测序的手段,多角度深入挖掘了酵母的进化相关信息,特别是在地理分布、驯化起源、及表型关联方面取得了突破性的进展。

      二、方法流程

      取材
      建库
      测序
      分析

      100年时间内收集到的161株野
      生裂解酵母菌株

      构建小片段文库

      PE54/PE100测序 ≥30X

      1. SNP及InDel检测
      2. 基因型多样性分析
      3. 重组及连锁不平衡分析
      4. 群体结构分析
      5. 进化及起源节点估计
      6. 全基因组关联分析

      三、研究结果

      • 1. PCA分析

        以752个非连锁的SNP位点基因型信息为基础进行PCA分析,结果显示,裂解酵母的变异基因型和采样的地理位置不存在强相关性。
      • 2. 裂解酵母的进化时间

        利用SNP作为标记,结合采样时间,推测酵母菌驯化起源。根据推算得到的裂解酵母预期驯化起源时间,大致和希腊文明、汉文明等古文明时期相吻合(下图)。
      • 3. 变异与性状的相关性

        对全基因组进行关联分析,在总计223个性状中,发现89个性状与具体的变异信息存在显著关联。
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      四、研究结论

      依托大规模真菌样本的重测序和进化研究,是分析真菌进化史、传播规律,区分真菌的致病机制,解读真菌基因型与表型间关联的有效手段。这篇裂解酵母群体研究的文章,作为的真菌群体研究范本,对于真菌大规模测序数据挖掘,有着重要的指导意义。

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